Batman-familjen har återvänt till nutiden och upptäckt att Japan har försvunnit, och att en gigantisk ö – Hinomoto – nu svävar i himlen över Gotham City. På toppen sitter Yakuza, en grupp superkraftiga individer som härskar utan heder eller mänsklighet och som ser misstänkt lika Justice League ut. Nu är det upp till Batman och hans allierade att rädda Gotham!